Daniel Miller, CIA-Agent in Panama, soll einen Whistleblower in der Berliner Station enttarnen, zu dem er selbst erste erfolgreiche Rechercheergebnisse lieferte. Offiziell löst er zwei Wochen nach seiner Ankunft und ersten Under-cover-Observationen einen Kollegen in Berlin mit der Legende ab, die letzten 10 Jahre an einem Schreibtisch in Langley verbracht zu haben. Während er dem Whistleblower auf die Spur kommt, wird er sowohl mit Ereignissen seiner Kindheit in Berlin als auch mit einem Einsatz in der Vergangenheit konfrontiert, was ihn dazu zwingt, alte und neue zwischenmenschliche Beziehungen auf den Prüfstand zu stellen. Gleichzeitig wird der desolate Zustand der Berliner Station mit den Geheimnissen der anderen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter gezeigt und deren aktuelle Arbeit verfolgt. Als sich die Kolleginnen und Kollegen schließlich zusammenraufen und gemeinsam agieren, führen alle Wege zusammen und zu einer überraschenden Lösung.
In der zweiten Staffel agiert das Team mit Neuzugängen, April Lewis als neue Field Agentin und BB Yates als "Station-Flüsterer" auf dem Chefsessel, gemeinsam. Dabei ist Daniel Miller zunächst als Trevor Price undercover aktiv, um einen geplanten Terroranschlag in Berlin zum Zweck der Wahlmanipulation zu verhindern. Die Spuren führen zurück zu den Geheimdiensten, die mit verwickelt sind.
In der dritten Staffel wird Daniel Miller zusammen mit Robert Kirsch von der neuen Station-Chefin Valerie Edwards nach Estland geschickt, um eine weitere Eskalation der Auseinandersetzungen zwischen der estnischen und der russischen Bevölkerung zu verhindern. Während ihres Aufenthalts in Tallinn verschärft sich der Konflikt jedoch aufgrund eines Mordanschlags weiter, so dass Robert allein mit Beweismitteln nach Berlin zurückkehrt, während Daniel zurückbleibt und gefährliche Recherchen aus eigene Faust durchführt. Dabei verliert sich seine Spur.
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